Los grupos de investigación son la unidad básica de referencia en la estructuración de la actividad científica especializada del Campus Auga. Su organización se recoge en el catálogo de grupos de investigación del Campus Auga, integrado por 22 grupos de investigación (de los cuales 7 son grupos de referencia competitiva y 5 grupos de potencial crecimiento), que desarrollan su actividad científica en las distintas líneas de especialización del Campus Auga, y en una de las áreas de soporte.

Medioambiente
- Environmental Physics Laboratory. EPHYSLAB
- Planta, Suelo y Aprovechamiento de Subproductos
- Ingeniería Química
- Ingeniería Química 3. Grupo de Bioingeniería y Procesos Sostenibles (BIOSUV)
- Biotecnología Industrial e Ingeniería Ambiental “BiotecnIA”
- Biotecnología y Calidad en Industrias Agroalimentarias y Medioambiente (ByCIAMA)
- Geología Marina y Ambiental
- Laboratorio de Termofísica
Gestión del Agua
- Governance and Economics Research Network
- Grupo para el Análisis Empresarial “GRUPAEM”
- EMITUR. Organización y Comercialización
- Agrupación de Grupos de Investigación de Derecho Administrativo y Filosofía del Derecho
- MEDEA Iuris
- Sistemas Jurídicos
- Estudios en Arqueología, Antigüedad y Territorio
- Historia Contemporánea 1
- Historia Medieval, Historia Moderna y Ciencias y Técnicas Historiográficas