Los grupos de investigación son la unidad básica de referencia en la estructuración de la actividad científica especializada del Campus Auga. Su organización se recoge en el catálogo de grupos de investigación del Campus Auga, integrado por 22 grupos de investigación (de los cuales 7 son grupos de referencia competitiva y 5 grupos de potencial crecimiento), que desarrollan su actividad científica en las distintas líneas de especialización del Campus Auga, y en una de las áreas de soporte.