O modelo de gobernanza do Campus Auga organízase en torno ao Comité de Dirección concebido como unha estrutura colexiada que representa o seu órgano de goberno, asesorado polo Comité Consultivo de Persoas Expertas, formado por profesionais de recoñecido prestixio nos ámbitos científicos das temáticas da auga, e polo Comité Consultivo Social-Empresarial, cuxos membros representan a asociacións empresariais, agrupacións industriais, administracións públicas e outras entidades da eurorrexión Galicia-Norte de Portugal, relacionados coas liñas de especialización do Campus Auga. Ambos os dous comités asesores, actúan como garantes do correcto cumprimento dos obxectivos e accións propostas no desenvolvemento da estratexia do Campus Auga.
A Dirección do Campus Auga, que exerce as tarefas de responsabilidade da coordinación e do funcionamiento do Campus, está asesorada polo Comité Executivo, que se estrutura en catro áreas aliñadas cos ámbitos estratéxicos de actividade do Campus Auga: Docencia; Investigación; Transferencia; Internacionalización, e está integrado por un máximo de catro membros do Personal Docente e Investigador (PDI) da Universidade de Vigo.
O Campus Auga proxéctase desde o Campus de Ourense, integrando na súa estrutura organizativa, os recursos e capacidades dispoñibles nas distintas unidades nas que se desenvolve a súa actividade docente, investigadora e de transferencia. Para reforzar a visibilización da súa identidade propia como campus especializado, erixiuse o Edificio Campus Auga como a súa nova infraestrutura de referencia dentro da Universidade de Vigo. Nesta infraestrutura, que constitúe a súa sede institucional, sitúanse: i) a Dirección, responsable da coordinación e funcionamento do Campus, ii) a Unidade Técnica de Xestión, que organiza e executa as actuacións do Campus Auga, iii) as Infraestruturas científicas (11) e, iv) os servizos de soporte do edificio.